为了加强对污染源的监督管理，控制和减少污染物排放，规范排污许可行为。2016年11月21日，国务院办公厅正式印发《控制污染物排放许可制实施方案》提出，我国要将排污许可制度建设成为固定污染源环境管理的核心制度，作为企业守法、部门执法、社会监督的依据。至此，我国试行20余年的排污许可制度正式在全国施行。

      2017年6月30日前，完成火电、造纸行业企业排污许可证申请与核发工作，依证开展环境监管执法；京津冀重点区域大气污染传输通道上1+2重点城市（北京市、保定市、廊坊市）完成钢铁、水泥高架源排污许可证申请与核发试点工作。从2017年7月1日起，现有相关企业必须持证排污，并按规定建立自行监测、信息公开、记录台账及定期报告制度。

       2017年11月 15日环境保护部办公厅印发《关于做好环境影响评价制度与排污许可制衔接相关工作的通知》。

      2018年1月印发的《排污许可管理办法（试行）》规定，环境保护部制定排污许可证申请与核发技术规范、环境管理台账及排污许可证执行报告技术规范、排污单位自行监测技术指南、污染防治可行技术指南以及其他排污许可政策、标准和规范。同时，行业重点污染物允许排放量核算方法也要按照排污许可证申请与核发技术规范规定的核算。

      2019年12月20日，生态环境部发布《固定污染源排污许可分类管理名录（2019年版）》。2017年7月28日原环境保护部发布的《固定污染源排污许可分类管理名录（2017年版）》同时废止。

      2020年4月7日，生态环境部发布《关于固定污染源排污期限整改有关事项的通知》，并要求于2020年完成覆盖所有固定污染源排污许可发证登记工作。